P450 Gene clusters in Tribolium.

Seq#(xxk) = temporary seq identity number (1 to 143)

xxk = location in kb on the accession sequence.

xxMb = location in the genome assembly chr 1-10 or unknown

shaded boxes represent clusters, the colors distinguish

between adjacent clusters.  No background indicates a solo

P450 gene (30/143).

 

Clusters determined on the Genboree Genome Broswer at

http://www.genboree.org/java-bin/gbrowser.jsp

Database = Tribolium castaneum 2.0

 

D. Nelson

April 17, 2006

 

Accession       chr genes

 

AAJJ01000808.1   1  1    128(27k) 4Mb

AAJJ01004849.1   1  1    130(5k) 8Mb

AAJJ01001710.1   1  1    129(24k)

AAJJ01000001.1   2  1    127(41k) 1.5Mb

AAJJ01000062.1   2  1    304E1(23k) 7Mb

AAJJ01000409.1   2  1    35(50k) 9.6Mb

AAJJ01002884.1   3  3    4BP1(6-8.5k), 137 partial(9-10k), 14(10.5-12k) 3.8Mb

AAJJ01000447.1   3  1    4AA1(40k) 6.7Mb

AAJJ01000087.1   3  1    124(64k)

AAJJ01000614.1   3  2    122(19k), 123(12k) 14.3Mb

AAJJ01004402.1   3  1    50(6k) 15.8Mb

AAJJ01005841.1   3  1    121(0k)

AAJJ01001140.1   3  1    105(21k) 15.9Mb

AAJJ01000155.1   3  2    84(61k), 120(63k) 17Mb

AAJJ01003426.1   3  1    305A1(2-6k) 22.9Mb

AAJJ01005923.1   3  1    CYP15A(1k) 22.9Mb

AAJJ01004085.1   3  1    303A1(3k) 23.6Mb

AAJJ01000115.1   4  1    334B1(57k) 0.2Mb

AAJJ01000136.1   4  1    4G14(98k)  5.2Mb

AAJJ01000063.1   4 12    74(8k), 75(11k), 77(12k), 76(15k),

                         78(17k), 72(19k), 71(21k), 70(24k),

                         139(27k), 69(29), 68(32k), 73(35k) 7Mb

AAJJ01000030.1   4  2    301A1(28k), 301B1(23k) 9Mb

AAJJ01000059.1   4  1    4G7(116k) 11.5Mb

AAJJ01003014.1   4  1    117(1-6k) 13.7Mb

AAJJ01002807.1   5  1    116(5k) 3.8Mb

AAJJ01005264.1   5  1    115(3k)

AAJJ01000053.1   5  4    63(85k), 11(70k), 114(88k), 12 (91k) 5.6Mb

AAJJ01000024.1   5  1    315A1(174k) 8.9Mb

AAJJ01000602.1   5  1    109(52k) 10Mb

AAJJ01000007.1   5  4    108(264k), 111(259k), 112(261k), 110(263k)

AAJJ01000275.1   5  1    136(74k) 15.8Mb

AAJJ01000157.1   5  1    107(88k) 16.6Mb

AAJJ01003994.1   6  1    106(5k) 0.2Mb

AAJJ01004605.1   6  1    103(4k)

AAJJ01001080.1   6  8    102(2-5k), 101(6-8k), 98(9-11k), 99(13-14k),

                         97(17k), 96(21k), 95(23k), 94(29k) 0.9Mb

AAJJ01001243.1   6  1    47(14k) 3.8Mb

AAJJ01002474.1   6  3    52(12k), 53(7k), 93(15k) 3.9Mb

AAJJ01005307.1   6  1    92(0k)

AAJJ01006933.1   6  1    91(1k)

AAJJ01003349.1   6  1    90(3k) 5.9Mb

AAJJ01001562.1   6  1    104(8k) 0.5Mb

AAJJ01001163.1   6  1    307B1(13k)  7.2Mb

AAJJ01003945.1   6  1    66(2-7k) 0.8Mb

AAJJ01008257.1   6  1    65(0k)

AAJJ01008667.1   6  1    65(0k)

AAJJ01001176.1   6  4    26(7k), 34(5k), 33(0-2k) 2.4Mb

AAJJ01000212.1   7  1    89(49k) 0.4Mb

AAJJ01000179.1   7  1    49A1(76k) 10Mb

AAJJ01000098.1   7  1    59(69k) 11.4Mb

AAJJ01000089.1   8  3    21(2k), 23(0k), 24(4k) 9Mb

AAJJ01004274.1   8  2    22(2k), 25(5k)

AAJJ01001543.1   8  5    27(14k), 85(17k), 29(25k), 86(23k), 28(20k) 15Mb

AAJJ01000243.1   8  8    134(0k), 135(2k), 3(4k), 31(7k), 9D2(10k),

                         9D1(12k), 2(86k), 32(88k) 15.3Mb

AAJJ01001877.1   9  1    4Q8(19k) 8.3Mb

AAJJ01002307.1   9  7    4Q8(0k), 4Q9P(2k), 4Q3(6k), 4Q2(7k), 4Q1(10k),

                         4Q7(15k), 4Q4(17k)

AAJJ01004021.1   9  1    4Q5(0k)

AAJJ01001232.1   9  1    4Q6(1k) 2.8Mb downstream  of 4Q cluster 11.1Mb

AAJJ01001356.1   10 1    314A1(28k) 0.7Mb

AAJJ01000393.1   10 1    83(56) 4.1Mb

AAJJ01000871.1   U  5    55(21k), 57(38k), 133(6k), 56(30k), 54(17k)

AAJJ01004329.1   U  1    141(1k)

AAJJ01003815.1   U  2    49(2k), 51(6k)

AAJJ01005400.1   U  1    48(2k)

AAJJ01002002.1   U  3    58(10k), 44(19k), 45(3k)

AAJJ01000994.1   U  4    42(6-8k), 138(14-15k),  46(16-17k, 24-25k), 43(31k)

AAJJ01001436.1   U  3    37(4k), 38(9k), 39(15k), 40(27k)

AAJJ01003559.1   U  1    37(8k)

AAJJ01002940.1   U  2    142(4k), 143a(10k)   

AAJJ01006489.1   U  1    143b(1k) (join with 143a)

AAJJ01003892.1   U  1    140(0-4k)

AAJJ01000667.1   U  2    306A1(18-42k), 18A1(48-54k)

AAJJ01000217.1   U  1    4BN6(42k)

AAJJ01001774.1   U  1    62

AAJJ01001472.1   U  1    20(1k)

AAJJ01005243.1   U  1    67(3k)

AAJJ01002935.1   U  1    41(10k) 

AAJJ01007625.1   U  1    121(1k)

AAJJ01000020.1   U  1    60(12k)

AAJJ01000951.1   U  1    307A1(34k)

 

143 genes/pseudogenes